Stanford : le modèle IA Evo 2 génère des phages contre E. coli
Des chercheurs de l'université Stanford ont utilisé Evo 2, un modèle d'intelligence artificielle génératif conçu pour produire des séquences d'ADN, pour créer près de 300 bactériophages capables de cibler la bactérie Escherichia coli. Après des tests en laboratoire, l'équipe a retenu 16 phages présentant une activité antibactérienne particulièrement efficace. Les travaux se concentrent sur le bactériophage ΦX174, dont le génome compte moins de 6 000 paires de bases, contre environ 3 milliards pour le génome humain. Le modèle Evo 2 a été créé par Brian Hie, professeur assistant de génie chimique et titulaire de la chaire Dieter Schwarz Foundation Stanford Data Science, tandis que l'étudiant en doctorat de bio-ingénierie Samuel King a dirigé la partie expérimentale. Les chercheurs ont demandé au modèle de générer un génome complet de ΦX174 en une seule passe, de gauche à droite, sans intervention supplémentaire, ce qui a produit plusieurs milliers de génomes candidats. King a ensuite développé un cadre informatique pour réduire ce nombre avant la synthèse chimique, en évaluant les candidats selon des critères tirés de ΦX174 et de phages apparentés, avant de les tester en laboratoire.
Cette avancée illustre la capacité d'une IA générative à concevoir des génomes viraux entiers et fonctionnels, et non plus seulement à suggérer des modifications ponctuelles sur de l'ADN existant. Selon Hie, certains phages proposés par Evo 2 ont même montré une meilleure capacité de survie que la version naturelle de ΦX174 lors des essais. L'enjeu principal porte sur la résistance bactérienne: un cocktail composé des 16 phages sélectionnés a rapidement neutralisé des souches d'E. coli devenues résistantes au ΦX174 naturel, alors qu'un traitement à phage unique laisse aux bactéries une voie d'échappement. Hie souligne qu'il serait beaucoup plus difficile pour une bactérie de développer une résistance simultanée à plusieurs phages génétiquement distincts. Cette approche pourrait ouvrir la voie à de nouveaux traitements contre des infections aujourd'hui difficiles à soigner, comme le staphylocoque doré résistant à la méticilline (SARM) ou Pseudomonas aeruginosa, cité par Stanford comme l'une des principales causes d'infections résistantes contractées à l'hôpital.
Le projet s'inscrit dans un contexte plus large de recherche sur les usages biomédicaux de l'IA générative, alors que la résistance aux antibiotiques constitue une préoccupation sanitaire mondiale croissante. Hie a choisi de publier Evo 2 en open source, permettant à d'autres équipes de télécharger le modèle pour concevoir leurs propres génomes. Ce choix a toutefois suscité des discussions sur les risques de sécurité, Stanford reconnaissant elle-même que ce type d'outil pourrait potentiellement être détourné par des acteurs malveillants. Reste que la démonstration confirme que la synthèse chimique et les essais en laboratoire demeurent des étapes indispensables pour valider les propositions de l'IA, qui ne remplace donc pas encore entièrement le travail expérimental mais en accélère considérablement le rythme.
Le modèle Evo 2 étant publié en open source, des laboratoires de recherche européens pourraient l'utiliser pour développer leurs propres traitements contre la résistance aux antibiotiques, un enjeu de santé publique majeur en France et dans l'UE.
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